作者：吳文傑
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現今第一線的治療方法大部分可有高達80%~95%的治癒率，然而，仍有約10%~20%的患者需要用第二線或是第三線的治療。在第一次治療失敗時，首先，要詢問病患是否有正確的服藥頻次以及使用方式，另如治療期間要避免食用增加胃酸的食物，或氫離子幫浦抑制劑要在飯前30分鐘使用等等。第二，我們應避開同樣的抗生素配方，因為第一次的失敗有可能是因為細菌對原本治療的藥物已有抗藥性。
目前，第二線的治療建議，根據馬斯垂克四的指引，須先看患者地域性細菌對於Clarithromycin的抗藥性，若為低度抗藥性 (<15%)可以選擇鉍劑四合一療法或是第二線的三合一療法，也就是氫離子幫浦抑制、Levofloxacin和Amoxicillin或Metronidazole，成功率在台灣約為78.6%。；若是在Clarithromycin高抗藥性的區域，則以第二線的三合一療法為主。另外，在2014發表的高劑量雙重療法也可以做為二線治療的選擇。
若第二次的幽門螺旋桿菌根除術仍是失敗，第三次的治療則要依據細菌的培養報告選擇有效的抗生素，才會達到一定的療效。若患者經過三次的治療，仍然無法有效的控制病情，以下幾點有可能是導致治療效果不好的主因，包括：
(1)患者的藥物服用順從性差
(2)未能給予有效的劑量
(3)患者併用其他藥物的使用
藥物間的交互作用減低了療效等等，
建議這樣的病患應轉介給專家做進一步治療。
