作者：吳文傑
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治療指引
內科治療方面，行政院衛生署疾病管制局結核（病）診治指引建議：治療藥物採用 HERZ (INH, EMB, RMP, PZA)治療二個月，然後改成HR( INH, RMP ) 四個月，但若前兩個月沒使用PZA，則整段療程則須延長至9個月。
台灣的INH初發性抗藥性偏高(約為10%)，因此台灣的學者建議整個療程都使用EMB。結核（病）的治療原則為合併使用多種有效的抗結核藥物，並規則服藥。
抗結核治療中，藥物肝炎為相當重要的議題。第五版臨床指引特別修改抗結核藥物肝炎定義，為治療前肝功能正常者：無肝炎臨床症狀者，其肝功能超過正常值的五倍、有肝炎臨床症狀者，其肝功能超過正常值三倍或總膽紅素血清值超過3 mg/dL，與原先第四版的差別在於提高總膽紅素血清值由2到3 mg/dL。
過去外科手術是腸結核的主要治療方式，特別是迴盲部的病兆。現今因內科治療在大部分潰瘍性以及廔管的併發症都有不錯的效果，然而增生性的腫塊病兆常會造成腸阻塞而需要手術介入。其他需要手術的情形包括腸穿孔、膿瘍以及大量腸道出血。開刀後的預後則通常和是否併發肺結核有關。
腹部結核若有接受適當且完整的治療，預後很好，但若超過一個月延遲治療則有高達60%的死亡率。腹部結核的病患死亡率約為8-50%，大部分都是合併有肺結核以及肝硬化的病患，當有>3個以上的共病症:咳血、敗血性休克、愛滋病、長期使用類固醇以及消化道出血等則是腹部結核的死亡或併發症的危險因子，相對地接受治療時間越久則是保護因子。
