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若確診罹患巴瑞特食道，吳文傑說，可透過口服藥或侵入性手術治療。氫離子受體阻斷劑藥物可改變胃酸的酸鹼值，但副作用是影響鈣質吸收，恐增加骨質疏鬆風險。
而侵入性治療則分為黏膜上皮切除術或是熱射頻燒灼術。前者透過內視鏡切除病灶，手術時間與恢復期較長，通常需住院5至7天，如果病兆嚴重範圍較大時，需要切除範圍大，後續可能造成食道狹窄或穿孔，飲食容易卡卡。
食道熱射頻燒灼術則是透過胃鏡燒灼淺層的食道病變細胞，讓食道表皮黏膜重新生長，燒灼1至2次可達效果；相較於黏膜切除上皮手術，其手術時間短，術後2至3天即可出院，2周內可完全復原，之後3至6個月回診追蹤，若無復發即痊癒。
吳文傑說，食道熱射頻燒灼術安全性高、相較較無嚴重併發症，此療法最適合巴瑞特食道高度分化不良，或有早期癌變的患者，若較輕微的低度或無分化不良，則可考慮服藥並追蹤，或者也進行燒灼術「換皮」一勞永逸，目前只有千分之一的機會在恢復正常的表皮下還殘留病變細胞，因此術後就可降低食道癌化的風險，但此術式尚無健保給付，需自費7萬至12萬元不等
要預防胃食道逆流與巴特瑞食道病變，吳文傑建議，飲食最好6到7分飽，太酸、太甜、油膩食物、咖啡與濃茶盡量少碰，吃飽飯後也勿馬上平躺，睡前4小時勿進食，睡覺時將枕頭墊高、往左躺等，都是防範方式。
